3D动画片《超级大坏蛋》的故事要从超级坏蛋Megamind和超级英雄Metroman的童年时代讲起，从尚在襁褓之时起他们就结下了梁子，开始了谁也不服谁的生涯。一个要代表正义，一个就硬要邪恶。

　　在故事其后的发展中，邪恶战胜了正义，超级坏蛋Megamind打败了超级英雄Metroman。然后，他却发现没有了对手的日子相当寂寞，于是，Megamind自己造了一个超级英雄Titan出来。可郁闷的是，新英雄的梦想却是做一个超级大恶人。而此时，女记者罗克珊站出来对众人说：当我们说收到威胁的时候谁会站在我们身边?谁能前来保护无辜者?答案是：Megamind。这下超级大坏蛋更郁闷了。

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